Koçarlı adı bir rivayete göre Koçarlı’ya yerleşen kişilerin eski yerleşim yeri olan Kaçkar,Kaçgarlı’dan diğer bir rivayete göre ise ”Göçerler”kelimesinden gelmektedir.Tarihi açıdan bakıldığında Koçarlı’nın tarihi M.Ö.300 Yıllarına kadar uzanır.Yörenin bilinen ilk sahipleri M.Ö.300 yıllarına kadar yaşadığı sanılan ve tarihçilerin oldukça ilgisini çeken ”Savaşçı Kadınlar Diyarı”olarak adlandıracağımız bugünkü Mersinbelen Mahallesinin güneyinde bulunan harabelerde yaşadığı tespit edilen Amyzonlar’dır.Bu dönemde bölge Büyük İskender’in komutanlarından Antiyöküs idaresinde 150 yıl kadar kalmıştır.Daha sonra Roma İmparatorluğu’nun yönettiği bu topaklar 1260 yılında Anadolu Selçuklu Devleti’nin egemenliğine kavuşarak Türkleşmiştir.Anadolu Selçuklu Devleti’nin dağılmasından sonra bir süre Menteşoğulları Beyliği’nin yönetiminde kalan Koçarlı ve civarı Sultan Çelebi Mehmet tarafından Osmanlı topraklarına katılmıştır.

Kanuni Sultan Süleyman 1522 yılında Rodos seferine çıkarken ordusuyla Koçarlı dolaylarında konaklar.Bu sırada 250 çadırlık aşireti ile bölgede bulunan Türk aşireti reisi Mehmet Bey Kanuni’nin ordusuna katılarak Rodos Seferine gider.Sefer sırasında Mehmet Beyin bir oğlu olduğu haberi gelir.Bu haber Kanuni Sultan Süleyman’a ulaştırılır.Padişah bu haberin kendisine uğur getireceğine inanarak çocuğun adını Cihan koyar.Rodos alınır.Sefer dönüşü Sarıçay,Büyük Menderes ve Çine çayı arasında kalan genişçe araziyi de Kanuni Mehmet beye bağışlar.İlk tavsiye edilen ve yerleşilen yer Koçarlı’ya 3km mesafedeki verimli ve sulak Sobuca’dır.(eski adıyla Su Bucağı).1700’lü yıllarda Türkistan’dan gelen bir aşiret şimdiki Koçarlı’nın bulunduğu yere yerleşir.Bu göçten sonra Cihanoğulları da Koçarlı’ya yerleşirler.

Koçarlı’nın nüfusu bu tarihten sonra daha da artar.Yerli rumlardan bir kısmı Koçarlı’ya yerleşir.1837 yılında Sobuca’da kurulan pazar ,Koçarlı2ya nakledirlir.Yunanlıların 27 Mayıs 1919’da Aydın’ı işgali ile İtalyan denetiminde bulunan Koçarlı’ya Büyük Menderes Nehrini aşarak göç edenlerin sayısı da oldukça fazladır.Türk ordusunun zafer kazanmasından sonra İtalyanlar Koçarlı’yı terk ettiklerinde burası nüfusu oldukça fazlalaşmış bir yer olarak karşımıza çıkar.Koçarlı 2.meşrutiyet’e kadar 1908 köy olarak yönetilmiştir.Meşrutiyetten sonra coğrafi konumu sebebi ile bucak haline getirilmiş ve 1 Nisan 1946 yılında ise ilçe olmuştur.